Поиск истории происхождения коронавируса SARS-CoV-2, который стал причиной почти 4 миллионов смертей в мире, в значительной степени затруднялся невозможностью доступа к информации из Китая, где были зарегистрированы первые случаи заболевания COVID-19.
Как сообщает Карл Циммер для New York Times, недавно исследователю Джесси Блуму из Медицинского института Говарда Хьюза в Сиэтле удалось найти файлы, удаленные из облака Google, которые содержат 13 частичных генетических последовательностей, связанных с самыми ранними случаями COVID-19 в Ухане.
Это не является доказательством ни одной из многочисленных теорий о происхождении SARS-CoV-2, включая утечку вируса из лаборатории в Ухане. Однако это является подтверждением того, что коронавирус циркулировал еще до того, как вспышка произошла на рынке Хуанань.
Поиск вируса-предшественника
Чтобы точно определить происхождение SARS-CoV-2, ученым необходимо найти вирус-предшественник, который впоследствии неоднократно мутировал. До этого времени самые ранние образцы были взяты в основном из случаев на рынке морепродуктов, поскольку предполагалось, что этот тип коронавируса впервые появился там в конце декабря 2019 года.
Однако более ранние случаи заболевания не имеют никакой связи с рынком, что на довольно ранней стадии пандемии указывает на то, что атипичная пневмония-КоВ-2 появилась в другом месте. С этими первыми генетическими последовательностями была одна странность. Случаи, обнаруженные на рынке, включают три мутации, которых нет в образцах вирусов, обнаруженных неделями позже за пределами рынка.
Образцы, которые не содержат этих мутаций, более точно соответствовали коронавирусам, обнаруженным у подковообразных летучих мышей. У ученых есть относительная уверенность в том, что SARS-CoV-2 каким-то образом произошел от летучих мышей. Поэтому логично предположить, что у прародителя также не было этих мутаций.
Открытие Джесси Блума
Джесси Блум предполагает, что найденные им последовательности, вероятно, принадлежат к самым ранним образцам, поскольку в них не обнаружено мутаций в Хуанане. Эти новые данные могут указывать на то, что вирус циркулировал задолго до того, как появился на рынке морепродуктов.
В своей статье, загруженной 22 июня в базу данных препринтов bioRxiv, Блум написал, что "этот факт свидетельствует о том, что последовательности с рынка, которые находятся в центре внимания геномной эпидемиологии в совместном докладе ВОЗ и Китая . Они не являются репрезентативными для вирусов, которые циркулировали в Ухане в конце декабря 2019 года и начале января 2020 года."
По словам Циммера, около года назад 241 генетическая последовательность пациентов с коронавирусом исчезла из архива чтения последовательностей онлайн-базы данных. Блум заметил это, когда увидел электронную таблицу в исследовании, опубликованном в мае 2020 года в журнале PeerJ. В этой работе была перечислена 241 генетическая последовательность SARS-CoV-2 за период до конца марта 2020 года. Опубликованная работа была частью проекта Уханьского университета PRJNA612766, который был загружен в архив чтения последовательности. При поиске в архивной базе данных, который проводил Блум, было сообщено, что элементы не были найдены.
Блум определил, что удаленные данные были собраны больницей Айсу Фу и Народным университетом Уханя. Также можно предположить, что последовательности относятся к периоду начала пандемии и взяты из тестов амбулаторных пациентов с подозрением на COVID-19.
Блум отмечает несколько ограничений своих исследований. Во-первых, последовательности являются только частичными и не содержат информации, позволяющей указать точную дату или место сбора. Эти данные имеют решающее значение для отслеживания вируса до его происхождения.
Тем не менее, Блум считает, что более глубокое изучение архивных данных NIH и других организаций и объединение последовательностей вместе может помочь составить более четкую картину как происхождения, так и раннего распространения SARS-CoV-2, и все это без необходимости проведения исследований непосредственно в Китае.
